运用因素分析法的一般程序是：
(1)确定需要分析的指标;
(2)确定影响该指标的各因素及与该指标的关系;
(3)计算确定各个因素影响的程度数额。
因素分析法的具体方法主要是差额分析法和连环替代法。如果各项因素与某项指标的关系为加或减的关系时，可采用差额分析法。
例如，企业利润总额是由三个因素影响的，其表达式为：利润总额=营业利润+投资损益±营业外收支净额，在分析去年和今年的利润变化时可以分别算出今年利润总额的变化，以及三个影响因素与去年比较时不同的变化，这样就可以了解今年利润增加或减少是主要由三个因素中的哪个因素引起的。
需要注意的是：因素分析法是作为基础分析中的企业财务状况分析的一部分而存在的，其前提是选出关注的指标、分解影响这些指标的因素和确定这些影响因素的变化率，而这三方面都需要基础分析的其他方面(比如宏观分析、行业分析、企业战略分析等)作为依据。